ここではピア・マルコたちが新たな敵、曼聖羅から次界を守るストーリーを見ていこう。書いているストーリーはビックリマンシール第１９弾〜第２５弾の裏書をもとにしています。また、題名を新ビックリマンとしてアニメＤＶＤも発売されています。詳しくはビックリマンのお店にて。
和成紀
平和なときが続く次界
時は和成紀と呼ばれる時代。聖魔大戦が終結し、天使も悪魔もお守りもかつてのように互いに争うことなく平和に暮らしていた。そして次界では天使でも悪魔でもお守りでもない新たな種族、聖魔混血の次代がたくさん誕生してきていた。
次界の中心では時の塔が建設され、その頂上には聖火が灯され、その聖火からあふれる光、聖火光がこの平和な時代をやさしく包むかのように次界を照らし続けていた。この時の塔はヤマト王子の子孫である次代、ヤマトウォーリアが番人として守っていた。そしてその家来としてベリーオズもこの塔を守っていた。
また、次界警備隊としてベイギャルズ（ミネルンバ、ボルカンヌ、ベスタニャ、セレンス、メルクリン）が次界の警備の任務についていた。彼女らは聖魔大戦終結間際に登場したメイドン戦士たちの子孫だ。
メディアとナディア
ここで源層界での若き日のメディアとナディアの話に戻そう。表層界創造以前の時代。若き日の二人は超聖神に源層界を守るように頼まれていた。超聖神とメディアは仲が良く、超聖神はメディアに自身の子供を託した。そんなある日、源層界の火山が大爆発を起こす。
この大爆発によって源層界にある将来の天使、悪魔、お守りとして生まれてくる命のなる木が火山灰に覆われて枯れてしまう危機に陥った。このときナディアはこの命の木を守ることに必死になり、一方メディアは超聖神に託された子供を守ることに必死だった。（ちなみにこの子供はワープスライダーＰの操縦者、プッチー・オリンだ。）
ナディアの必死の活躍により命の木は守られ、メディアの必死の活躍により超聖神に託された子供は無事だった。この危機の間、超聖神は源層界にはいなかったが、この危機の後戻ってきてメディアに怒りを感じた。それはこれから生まれてくる多くの天使、悪魔、お守りの命を宿す木を守らなかったからだった。そして超聖神はメディアに異聖メディアとして源層界から追放し、これからはナディア一人に聖神ナディアとして源層界を守るよう命じた。
曼聖羅
超聖神によって源層界から追放された異聖メディアは放浪を続けていた。このとき、６人の創聖使「パーミンダロス」、「ミレトシルル」、「カーボメロス」、「オルドトス」、「エウリピデボン」、「カンブディアス」と４人の創聖巡師「聖梵インダスト」、「聖梵ミロク」、「聖梵インカ」、「聖梵ムガル」も異聖メディアに同行した。源層界の外は凍てつく大地ばかりだったが、放浪の末ようやく住めそうな場所を見つけて異聖メディアはそこに曼聖羅という世界を創った。
曼聖羅から放たれた大洪水と次界消滅の危機
では話を和成紀に戻そう。次界の時の塔には時をつかさどる箱、セントボックスが多数収められていた。そこに現われたのが悪魔系次代のディオ・コッキーだ。彼は盗賊でこのセントボックスを盗みに時の塔に侵入した。ディオ・コッキーがセントボックスの開けて覗いてみるとそこには未来の次界の姿が見えたのだ。
彼の目に映ったものはなんと次界が曼聖羅から放たれた洪水によって消滅してしまうということだった。のちにこの洪水を止めるためには聖石（セントジュエル）を集めなければいけないことが分かり、時の塔の番人ベリー・オズとピア・マルコ、ディオ・コッキー、そしてセントボックスから飛び出したワープスライダーＰとその謎の操縦者プッチーらは聖石を求める旅人として聖石を求めて旅をすることになった。
曼聖羅からの洪水は異聖メディアによるものだった。でもなぜ異聖メディアがそんなことをしたのか？それは超聖神が自分を追放したのは聖神ナディアをひいきしていると思ったからだった。そう、異聖メディアは超聖神を愛していたのだ。
だから聖神ナディアが創造した天使と悪魔たちが住む次界を滅ぼそうとしたのだった。
聖神ナディアのたくらみ
ここで聖魔大戦終結のとき上空に現われた聖神ナディアの言葉を思い出してみよう。聖神ナディアはさきの聖魔の戦いは天使と悪魔とお守りがこれからやってくるもっと強大な敵に立ち向かえるよう強くなってもらうためにわざと仕組んだものだったと話した。そう、聖神ナディアは表層界創造のときから異聖メディアが自分の想像した世界を追放された仕返しのために襲うだろうことを予期していたのだ。
そのために聖神ナディアは聖魔大戦を仕組み、その終結後により強力な聖魔混血の新しい種族、次代が誕生してくれることを期待したのだった。
ブラックゼウスの復活
聖石を集めるたびに出たピア・マルコ一行を阻止するため、異聖メディアに味方している６人の創聖使がかつて天界山脈でヘラクライストと対決して敗れたブラックゼウスをＢ・Ｚ・Ｈ（ブラックゼウスヘッド）として復活させた。ブラックゼウスがかつて敗れたときの言葉「いつか必ず復活する。」がここに現実のものとなったのだ！さらにブラックゼウスはかつてのおじいさんではなく若返って復活した。それゆえに彼のパワーはかつてのものより強力強大になっていた！
ピア・マルコ、ジャイケット装着
ピア・マルコ一行は聖石を捜し求めて旅をしていた。その最中に１０人の次代「ウォッ珍」、「のりのん」、「ちょうしよし」、「エリースター」、「ベンギャル」、「こげ面公」、「シャパン」、「チュー蘭チャン」、「クィーンサヌア」、「フレグレイス」からピア・マルコがパワーアップできるジャイケット装着能力を身に着けた。
ピア・マルコとＢ・Ｚ・Ｈ対決
ジャイケットを装着してパワーアップしたピア・マルコとＢ・Ｚ・Ｈが激しい戦いを繰り広げた。しかし、Ｂ・Ｚ・Ｈの戦闘能力は絶大でマルコの反撃もその魔力の前にまったく歯が立たなかった。両者の戦闘はすさまじく、時空の裂け目である破断層を生じさせた。そしてマルコはＢ・Ｚ・Ｈの攻撃によって破断層に落とされてしまった！
異聖メディア、聖神ナディアと和解
一方、異聖メディアは自分の娘、プッチー・オリンから源層界の外の世界は凍てつく土地ばかりなのにどうして曼聖羅が創造できるような豊かな土地が存在したのかを聞かされる。それは異聖メディアが超聖神に追放されたのが気の毒に思い、聖神ナディアが自分の理力をめいいっぱい使って凍てつく土地を豊かな土地に変えたからだった。これを知った異聖メディアは聖神ナディアをもう恨まなくなり二人は和解した。
Ｐ・Ｍ・Ｆ・Ｇ（ピアマルコ・フルジャイケット）
マルコの落ちた破断層は大ポリニアと呼ばれる時間のトンネルだった。ここでは、あらゆる時間に行くことが可能だ。そしてこのエリアは悪の根源、ダークマターに支配されていた。ダークマターは大魔テーションというエリアを本拠地に闇の王国を建造しようとする大悪魔だ。このエリアでマルコのジャイケットはさらにパワーアップし、Ｐ・Ｍ・Ｆ・Ｇ（ピアマルコ・フルジャイケット）となった。そしてマルコを追ってきたＢ・Ｚ・Ｈと再度戦い、マルコが勝利する。
サイキュロス
マルコたちは大ポリニアに落ちたままこのエリアから出られないでいた。そこではサイキュロスという次代に出会う。
ダークマター、サイキュロスをパワーアップさせる
実はサイキュロスはかつて天聖界を恐怖のどん底に落とし入れた大悪魔、魔肖ネロ直系の次代だった。それに目をつけたダークマターは新たな悪魔の統括者を作り出そうと考えた。彼はかつての神帝たちの子孫で次界警備隊のベイギャルズを捕らえ、その理力を奪ってサイキュロスに注ぎ込んだ。こうしてサイキュロスは魔界のヘッド、ドラキュロスへとパワーアップした。
ＧＤ５（ギャルジャーファイブ）誕生
ダークマターに理力を奪われたベイギャルズだったがその体に眠る神帝のルーツ因子が目覚めて新しくＧＤ５（「ＧＤピーター」、「ＧＤダンジャック」、「ＧＤ牛若」、「ＧＤフォッド」、「ＧＤ一本釣」、）へと変身し、逆襲を開始する。
謎の国、エズフィト飛来
ドラキュロスが誕生すると時を同じくして破断層から謎の国、エズフィトが飛来してきた。エズフィトとは魔妃クレオクスを女王とする悪魔系国家だ。この国は衰退していて、ドラキュロスを王として迎え入れてかつての繁栄を取り戻そうとしている。