ここではビックリマンの天使と悪魔が次界を争奪するストーリーを見ていこう。
創天紀
魔幻モデル
時は創天紀と呼ばれる時代。次界の第１エリア「次動ネブラ」では、ダークヘラの命令により悪魔が基地建造に着手していた。この基地が「魔幻モデル」だ。工事に携わった悪魔「造魔竜鬼」は着々と建造をおこない、見事に魔幻モデルを完成させた。
ヤマト爆神、悪魔化？！
魔幻モデルを発見したヤマト爆神は単独で魔幻モデルに突入した。しかしそこで魔幻モデルの主「魔魂プタゴラトン」に捕まり魔魂を注入されてしまう。これによりヤマト爆神は悪魔にされてしまった！
一方、神帝たちはヘッドロココの積上星（パイル星）に導かれてヤマト爆神を救うため魔幻モデルに突入する。魔幻モデルで悪魔と対決している最中にアローエンジェルはストライクエンジェルに、照光子は烈神照光にそれぞれパワーアップする。
神帝たちは魔幻モデルの中にいる魔魂プタゴラトンのもとにたどりつき、悪魔にされたヤマト爆神を発見する。そこでパイル星がヤマト爆神に宿り、無事元の姿に戻る。
デカネロン誕生
さきのスーパーゼウスとの戦いに敗れたネロ魔身は魔破ドラゴットの中で孵化して「デカネロン」として復活、誕生した。
魔幻モデル破壊
回復したヤマト爆神は魔幻モデル破壊のためヘラのもとへ向かった。さきの戦いでワンダーマリアの洗脳を解かれたヘラは魔幻モデルのことを熟知していたので弱点を突き見事に魔幻モデル破壊に成功した。同時に魔幻モデル内部にいたデカネロンも消滅した。
次動ネブラを聖域化
魔幻モデルがなくなりヘラとヤマト爆神は次動ネブラを聖域化した。これにより悪魔も天使もお守りもこのエリアで仲良く暮らすことができるセントフラダイスの建設にとりかかった。
ワンダーマリア裁判にかけられる
ワンダーマリアが悪魔ではないヘラを倒さなかったことを口実にスーパーデビルがワンダーマリアを裁判にかけて孤立させた。
智道（ウィズダムベルト）
神帝たちは次界の第２エリア「ウィズダムベルト」に到達した。そこに待ち構えていたのは超強力な悪魔「魔統ゴモランジェロ」だった。神帝たちは魔統ゴモランジェロに立ち向かうがまったく歯が立たなかった。
神帝パワーアップ
魔統ゴモランジェロにまったく対抗できない神帝たちに危機を感じて天地球の主「古聖長ヘブダヤ」が現われ、神帝たちをパワーアップさせる。
これにより、神帝男ジャックは聖遊男ジャックに、神帝フッドは聖豊フッドに、牛若神帝は聖霊牛若に、神帝ピーターは聖幻ピーターに、一本釣神帝は聖界一本釣にパワーアップを遂げた。
神帝たち真のパワーアップ
古聖長ヘブダヤによりパワーアップをした神帝たちだったが、それでも魔統ゴモランジェロには対抗できなかった。そして厳しい戦いの中で神帝たちは気づく。相手を思いやる気持ちが大事だと。このことに気づいた神帝のもとに天地球の愛然かぐやの命令によりソルジャンキーがやって来た。
ソルジャンキーによって神帝たちは真のパワーアップを遂げてそれぞれヘッド級のパワーを持つようになった！そして魔統ゴモランジェロをあっという間にやっつけた。
アンドロココ誕生！
聖神ナディアと愛然かぐやがヘッドロココを復活させてアンドロココとして誕生させた。これによりパワーアップを遂げた神帝たちとアンドロココが再び次界の探索を開始する。
アンドロココＶＳ魔君ポセイドス
セントフラダイスの裏側のリバースエンパイアではダビデブが天使攻撃の計画を練っていた。アンドロココにこの場所を知られると思ったダビデブは魔君ポセイドスを差し向けた。そしてアンドロココと魔君ポセイドスが対峙したとき愛然かぐやが現われ、これ以上戦いを続けると大異変が起きると警告する。これは聖神ナディアの警告だと。
悪魔軍の総攻撃
ダビデブがリバースエンパイアが天使にばれると報告したことでスーパーデビルは総攻撃を決断した。スーパーデビルは大戦艦「魔館シップ」でセントフラダイスを攻撃し始めた。これにより大異変は進行していき世界が崩れていく。
ワンダーマリアの裏切り
以前裁判にかけられたワンダーマリア、暗殺されかけた魔スターＰ、そして魔魂プタゴラトンはいづれもスーパーデビルに恨みを持っていた。スーパーデビルがセントフラダイスを攻撃しているスキにを突いてワンダーマリアがスーパーデビルを六聖球ソードで刺した！このときソードから聖球が飛び散り、大異変の渦の中に落ちていった。
この六聖球を取り戻そうとヤマト爆神と神帝たちは大異変の波に飛び込んで命を落としてしまう。神帝たちは虹層球（レインボール）となって上空に輝いた。
ワンダーマリア、悪魔の心をなくす。
スーパーデビルを倒したワンダーマリアはアンドロココにこれ以上戦っては大異変がひどくなり世界が崩れるだけで意味が無いことをさとされ悪魔の心をなくしてしまう。
ラファエロココ誕生
ワンダーマリアは改心したが、久遠エリアというところではいまだ悪魔と天使が戦っていた。アンドロココは戦いを鎮めるために久遠エリアへと向かった。その途中、亡きヤマト爆神と神帝たちのパワーを受けてラファエロココとしてパワーアップを遂げた。